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Grazie della risposta

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questo 

max_input_vars: 10000

non centra nulla.

lo avevo pensato 

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puoi fare 2 cose, spezzare il file csv o usare un vero server dedicato.

1 - Cosa intendi per spezzare il file csv? 

2 - Attualmente il sito è hostato su un mio server cloud, e devo dire che è abbastanza veloce anche se sono ospitati sopra 10 siti (di cui solo 2 Prestashop, il resto Wordpress).

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memory_limit: 256M  e max_execution_time: 3600

Hanno valori troppo bassi.

e mancano anclune impostazioni di PHP che devi attuare.

Se il server lo gestisci via root e non e un VPS finto da 3€ al mese ti consiglio di rivedere la configurazione del tuo PHP in toto.

A quanto dovrei impostare questi valori? E quali sono le impostazioni php da attuare che mancano?

Comunque posto un aggiornamento, ho snellito di molto il numero di attributi, inserendo solo marca, modello e anni di produzione (in fascia, tipo 2016/02-2018/05) e ora con circa 11 mila combinazioni riesco ad inserire la combinazione, ma in modo molto lento. Grazie mille della risposta!