Le .htaccess se regénère dès que vous touchez à SEO & URL ou multiboutique ou watermark.
Comme bien précisé dans le #start, si vous avez des directives à mettre c'est AVANT ce commentaire #start ou après le #end.
# ~~start~~ Do not remove this comment, Prestashop will keep automatically the code outside this comment when .htaccess will be generated again
# .htaccess automaticaly generated by PrestaShop e-commerce open-source solution
# ~~ start ~~ Ne supprimez pas ce commentaire, Prestashop conservera automatiquement le code en dehors de ce commentaire lorsque .htaccess sera à nouveau généré.
# .htaccess généré automatiquement par la solution open source open-source PrestaShop