En teoría se puede configurar en Parámetros de la tienda -> Tráfico y SEO -> Formato de los enlaces. Por defecto está establecido así:
{category:/}{id}{-:id_product_attribute}-{rewrite}{-:ean13}.html
... pero puedes ponerlo así:
{categories:/}{id}{-:id_product_attribute}-{rewrite}{-:ean13}.html
Perdón, te referías a las rutas de las categorías, no a las de los productos, lo entendí mal. También se puede configurar ahí, pero no sé si se puede poner del modo que planteas...