Hola,
Si quieres un programa de facturación que descargue los pedidos y clientes de prestashop te recomiendo que eches un vistazo a éstos:
ZFactura
https://www.ziclope.net/programas-de-facturacion/
ZGestión
https://www.ziclope.net/programa-facturacion-zgestion/
Las versiones personalizadas conectan via REST api a su web de forma que no requiere instalar de plugins de terceros.
Para que no haya malentendidos, yo soy el desarrollador del software recomendado