Creo que no se puede, por una razón muy sencilla: La elección de la forma de pago es el último paso del checkout, y justo después ya se accede a la pasarela de pago. Los descuentos se comprueban al cambiar de paso en el checkout, por lo que deberían estar aplicados ya antes de entrar al último paso, que es el de elegir el método de pago.
Desde luego, con las reglas de descuento de Prestashop 1.7 no se puede. Y he mirado en un módulo para descuentos que tengo instalado en una tienda y tampoco permite filtrar por método de pago (por casi todo lo demás sí). No sé si habrá algún otro módulo que lo permita, pero me da la impresión de que no es tarea sencilla.