Activar y desactivar la URL amigable no creo que funcione, ya que lo que hace es usar ese valor o no en la URL, pero no creo que lo regenere de nuevo.
Asegúrate de reemplazar á,é,í,ó,ú,Á,É,Í,Ó,Ú,ñ,Ñ y si los nombres pueden tener cualquier otro carácter (interrogaciones, admiraciones, paréntesis, corchetes, diéresis, cedillas, etc), también.
Para detectar las URLs que dan error puedes usar herramientas como Screaming Frog, pero la versión gratuita está limitada a 1000 URLs.