En realidad eso lo puedes controlar sin necesidad de ningún módulo. Lo que debes hacer es crear zonas:
Menú Localización -> Zonas
Creas una zona nueva - España. Si quieres diferenciar entre España peninsular e islas puedes crear 2, 3 zonas, o las que necesites (por ejemplo, España peninsular, Baleares, Canarias, etc).
Menú Localización -> Provincias
Filtra por país (España), vete editando las provincias y asígnalas a las zonas que acabas de crear. Puedes marcar varias y en el desplegable de abajo elegir "Asignar a una nueva zona". Así ya tienes identificadas a qué provincias se les va a aplicar lo que configures para la zona "España" (y lo mismo para las demás).
Menú Transporte -> Transportistas
Modifica el transportista que quieres y en la segunda pestaña (Localización de destino y gastos de envío) ya puedes asignarle a cada zona unos gastos de envío diferentes. Por ejemplo, para España 0 euros y para Europa 10, o lo que sea. También puedes combinar las zonas con los pesos o con el precio total del pedido para crear distintos rangos.