Las URLs del sitemap son las URL "canónicas". Es decir, las que Google y los demás buscadores debe indexar.
Si exploras el código de cualquiera de las páginas que llevan el ID de la combinación, verás que en head tienen especificado un meta que indica que la "canónica" es la que no lleva ese ID (es decir, la que aparece en el sitemap). Con lo cual los buscadores ya están informados de cuál deben indexar, independientemente de cómo se estructure internamente el sitio.
Es lo lógico, puesto que si un producto tiene 300 combinaciones (y los hay que tienen incluso más), no puedes hacer que el buscador indexe 300 direcciones diferentes. Y si le haces indexar la combinación por defecto y luego se te ocurre cambiarla, tendrías que volver a enviar la combinación correcta. Usando las canónicas, que es como funciona Prestashop, se evita este problema.
Edito: Tu tienda es la versión 1.7.4.2 acabo de leer. Creo que en esa versión hay un problema y que la "canónica" que se indica redirecciona luego a la URL que lleva incluido el ID de la combinación por defecto de cada producto. Eso es un error de Prestashop que corrigieron en la versión 1.7.6.1, por lo que si te preocupa ese tema yo tú actualizaría Prestashop a esa versión.