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Por experiencia te diré que lo mejor es que se lo comentes a los responsables del VPS. Ellos normalmente ya saben qué parámetros optimizar para cada CMS, por lo que si les dices que es un Prestashop probablemente te configuren las opciones del servidor para que vaya mejor.
También tienes que tener en cuenta que a veces "presuponen" que un VPS va a alojar varios hostings, y pueden tener por defecto limitados los recursos que puede usar cada uno para que no afecte a los demás. Si sólo va a alojar esa web y se lo dices, te quitarán las limitaciones para que pueda hacer uso de todos los recursos disponibles en el VPS.