Creo has de tener varios errores, por que si dices que funciona el ssl y luego comentas que sigue diciendo que no es segura, por logica todo el contenido que tienes en la pagina tiene que tener https... si una imagen u otra liga o url no tiene https, te dire que no es seguro asi este funcionando correctamen tu ssl... verifica todo muy bien...
1.0 en la pagina que te diga que no es seguro... y que tu dices que si funciona el ssl...
si usas chrome, presiona f12 del teclado de funciones... y hay te dira cuales errores iras teniendo con los certificados... por lo regular esta en consola...
2.0 en prestashop 1.6.1.0, no se como funcione bien lo de SEO
Back-Ofice--->>>Tráfico & SEO--->>>SEO y URLs--->>>URL amigable..
es recomendable desactivarlas, Guardar los cambios y de nuevo volverlos activar y guardar de nuevo, de esta forma regenerara tu .htaccess correctamente. para el cerficado.