Las canonical no son para eso. Las canonical son, cuando un contenido tiene varias URLs diferentes, para indicarle a los buscadores cuál es "la buena".
Por ejemplo, si tienes un producto en las categorías "bazar", "tazas" y "cerámica", pues podrías acceder a él con las URLs "https://misitio.com/bazar/1-taza.html", "https://misitio.com/tazas/1-taza.html" y "https://misitio.com/ceramica/1-taza.html". Lo correcto aquí sería indicarle en la canonical en todas ellas cuál es la URL "buena", que sería aquella que incluyera la categoría por defecto del producto.
La home sólo tiene una URL a través de la cual se pueda acceder, y por eso no necesita canonical. Si tienes activado el HTTPS y has especificado un subdominio www, lo normal es que si intentas entrar de otra forma te haga una redirección, pero la URL en la que terminas al final sería siempre la misma, y por eso no necesita canonical.