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Oui, j'ai bien  un UNIQUE INDEX sur la colonne id_category ...

Après avoir fouillé un bon moment, il se trouve que la version 1.7.6 a corrigé cette manière de faire.

Au lieu de faire X requetes (X étant en gros le nombre de catégories existantes), il n'en fait plus qu'une du genre

INSERT INTO `ps_category` (id_category, nleft, nright)
VALUES (15,6,7),(20,8,9),(34,10,11),(36,12,13),(39,14,15),(40,16,17),(43,18,19),(46,20,21) ....etc
ON DUPLICATE KEY UPDATE nleft=VALUES(nleft), nright=VALUES(nright)

Ce qui est beaucoup plus rapide ...

Merci doekia pour tya réponse, comme je vois que tu as l'aire de pratiquer depuis un moment, sais-tu ou je pourrais trouver de la docs pour configurer Mysql aux petits oignons car je ne suis pas sur de l'avoir bien optimiser. Ma boutique est sur un serveur dédié et pour autant je trouve que les requetes MySQL sont assez longues, et comme elles sont nombreuses dans Prestashop, c'est pas hyper rapide.
Ceci dit ma boutique comporte environ 5000 catégories et 30 000 produits

Merci d'avance.