Hola, estefsa.
Para qué vamos a engañarnos: fácil precisamente no es, y presenta varios obstáculos.
Supongo que lo que quieres es conectar el programa que usas en la tienda con PrestaShop. Se puede hacer, siempre que el programa que usas lo permita, pero no es sencillo, porque no existe una forma estándar de hacerlo. Cada programa usa su propia API de conexión (si la tiene, insisto), y dependiendo de las características y funciones del programa habría que hacerlo de una forma u otra.
PrestaShop incorpora el webservice, que es precisamente para eso, pero muchas veces no se adapta a lo que se necesita y es más fácil desarrollar un módulo de conexión. Para hacerlo se necesitan buenos conocimientos de PHP, saber o estudiarse bastante bien el sistema de clases y objetos de Prestashop y tener acceso a la API de conexión del programa en tienda y/o saber cómo modificarlo, si se puede (lo cual puede requerir conocimientos de otros lenguajes de programación).
Hay empresas que te ofrecen todo esto ya hecho, pero a precios no precisamente baratos.