Ciao Alexa83, nella sezione Pagamento -> Impostazioni -> Limitazioni vettore , puoi associare un tipo di pagamento ad un determinato tipo di corriere (quindi ad esempio, potresti selezionare "spedizione gratuita" solo se il sistema di pagamento è Bonifico bancario.)
Alternativamente potresti aggiungere una tassa fissa per chi sceglie il contrassegno e far variare i costi di spedizione in base al peso dei prodotti o al totale del carrello.(testato con il modulo COD+)