Hola, Uyoga.
No, no es obligatorio tener activada la gestión de stock. Si no necesitas que Prestashop controle el stock que queda de cada producto lo puedes desactivar tranquilamente. El tema de las combinaciones tampoco debería ser problema, yo he trabajado con un sitio donde tenían más de 100 combinaciones por producto y eso no daba problemas (más que de lentitud al gestionarlas, eso sí).
Prueba lo que te ha dicho gusman126, a ver si van los tiros por ahí. También prueba a abrir la consola de depuración del navegador (CTRL+May+I), a ver si te saca algún error cuando realizas la operación.
A mí no se me ocurre nada más, a no ser que tenga algún problema con la configuración del servidor, en un Prestashop nuevo recién instalado y con el tema classic no tendría que darte problemas.