No, quello è un file di cache che memorizza i dati presenti nel file di configurazione del tema (theme.yml).
Le configurazioni dei moduli e degli hook non c'entrano, queste vengono memorizzate nel database.
La cosa che perdi di sicuro solo le impostazioni relative al tipo di layout delle varie pagine (2 colonne, 1 colonna o full width) che puoi modificare in Design > Tema & Logo > Scegli layout. Inoltre queste impostazioni puoi settarle anche dal file theme.yml così ogni volta che elimini il file di cache non devi reimpostare queste configurazioni.
Ovviamente tutto ciò si riferisce al template di default (classic) nel caso di altri template non so come si comportano, ma penso non cambi nulla.