Gracias por contestar.
Vale me acabas de abrir los ojos, no lo había visto así. Quería poner la tienda en dominio.com pero que no estuviera en el raíz, para a la hora de meter la web estuviesen separados cada uno en su correspondiente carpeta por temas de organización. Pero me acabo de dar cuenta que no es necesario, dejo la tienda en el raíz y la web en una carpeta, de modo que quedaría en: dominio.com la tienda y en dominio.com/web la web.
Es así verdad?
A veces uno se obceca con algo y no ve mas allá.