Bueno, siguiendo el enlace de merlo he conseguido generar las URLs correctas. Los único que hay que hacer es ir a la línea 209 y cambiarla por esta:
$tmpLink = $this->context->link->getProductLink($product, $product['link_rewrite'], $product['category'], $product['ean13'], (int)($product['id_lang']), $id_shop, 0, true);
A mi me ha funcionado. Podéis ver el resultado en http://wargamesmania.es/sitemap.xml
En cuanto al problema con el cron, yo no lo he rectificado, pero en el enlace explica como hacerlo, última respuesta.