Verwende einfach 2 unterschieddliche Nummernkreise, einen Für ebay und einen für den Shop. Du mußt ja lediglich darauf achten daß es eine Rechnungskennzeichnung nicht doppelt gibt. Also z.B. EB4711 (für ebay) und FA4711 (für den Shop.
Wenn du es perfektionieren wolltest, integrierst du ein Warenwirtschaftssystem und schreibst alle Rechnungen darüber.
Und bei all deinen Überlegungen zur Rechnungserstellung überprüfe doch mal ob Shop und ebay überhaupt die gesetztlichen Anforderungen, die notwendig wären (Inhalt, Unveränderbarkeit, Aufbewahrungspflicht etc), erfüllen!
Grüsse
Whiley